IWASHITA Hanako    Department   School of Medicine, School of Medicine    Position   Assistant Professor
Article types	Original article
Language	English
Peer review	Peer reviewed
Title	Analysis of Vibrio seventh pandemic island II and novel genomic islands in relation to attachment sequences among a wide variety of Vibrio cholerae strains
Journal	Formal name：Microbiology and Immunology ISSN code：03855600
Domestic / Foregin	Foregin
Publisher	John Wiley & Sons Australia, Ltd
Volume, Issue, Page	62(3),pp.150-157
Author and coauthor	Nguyen Tuan Hai, Pham Tho Duc, Higa Naomi, Iwashita Hanako, Takemura Taichiro, Ohnishi Makoto, Morita Kouichi, Yamashiro Tetsu
Publication date	2018/03
Summary	ビブリオコレラ菌株におけるVibrio第7次パンデミックアイランドII(VSP-II)の種類、分布、ゲノムに組み込まれたVSP-IIの上流に形成されるattachment sequence left(attL)について、次世代型シークエンサーで解析を行った。その結果、解析したビブリオコレラ菌株188株のうち178株は、当研究所のカルチャーコレクションに収集・保存されている菌株で、アジアやアフリカ諸国からの単離株であった。また、188株のうち153株がVSP-IIを保有しており、そのうち55株が典型的VSP-IIを保有し、96株がVC0495-VC0498欠失を有する短躯型VSP-IIを保有していた。なお、残りの2株は非O1/非O139で、これらの株からは新規VSP-IIが検出された。以上の解析結果から、VSP-IIを保有する153株のうち139株が典型的な14bpのattLを保有し、残りの14株は新規6種類の13bpのattL様配列を保有していることが明らかにされた。さらに、第7次パンデミック株のうち1～2種類のattL様配列が観察されたwave2やwave3株とは異なり、wave1株からは6種類全てのattL様が認められ、6種類の新規ゲノムアイランドが確認された。
DOI	10.1111/1348-0421.12570
Document No.	2019023993